انتقل أمر الإمامة والخلافة إليه (ع) وهو في مدينة جده الرسول (ص) عن شهادة أبيه الجواد (ع) في بغداد . وله (ع) يومئذٍ من العمر ثمان سنوات وأربعة أشهر قريباً من قدر سني عمر أبيه الجواد (ع) عند انتقال الأمر والخلافة إليه بعد أبيه الرضا (ع) ، وبقي سلام الله تعالى عليه في المدينة بعد شهادة أبيه الجواد (ع) بقية ملك المعتصم ما يقرب من سنتين ، حتى أنتقل الأمر للمتوكل ( لع) حيث أشخص الإمام (ع) من المدينة المنورة إلى ” سر من رأى ” التي تبعد عن بغداد مسيرة ثلاثة أيام ، وبعد هلاك المتوكل في الرابع من شهر شوال سنة سبع وأربعين ومأتين ، بويع ابنه محمد بن جعفر الملقب بالمنتصر إلى أن وصل الأمر في النهاية للمعتز بن المتوكل وأسمه الزبير وكان ذلك في السنة الثانية والثلاثين من إمامة أبي الحسن الهادي (ع) ثم كانت شهادة الإمام (ع) في السنة الرابعة والثلاثين من إمامته .
وقد بقى (ع) في سامراء عشرين سنة وكانت مدة إمامته (ع) بعد أبيه الجواد (ع) أربعاً وثلاثين سنة ويوماً واحداً ، وقد تقدم انه (ع) أقام مع أبيه ما يقرب من ثمانية سنوات فيكون مجموع عمره الشريف (ع) نحو اثنين واربعين سنة.