قضى(ع) فترة من حياته في ظلمات السجون يُنقل من سجن إلى سجن ، فقد سجنه محمد المهدي العباسي ، ثم أطلقه وسجنه هارون الرشيد في البصرة عند عيسى بن جعفر ، ثم نقله إلى سجن الفضل بن الربيع في بغداد ، ثم نقله إلى سجن آخر عند الفضل بن يحيى ، وآخر سجن نقل إليه في بغداد وهو سجن السندي بن شاهل ( لعنة الله عليهم أجمعين) وكان أشد السجون عذاباً وظلمة ، وكان لا يُعرف الليل من النهار فيه .
لقد تحمل هذا الإمام الغريب المظلوم المعصوم (ع) من ملوك زمانه ومن الساعين إليهم في حقه (ع) ومن الحساد والفساق ، أذى كثيراً ومصائب عظيمة، وبخاصة منهم اللعين محمد المهدي الذي عزم على قتل الإمام (ع) ولكن الله خذله حتى قتله ، وبعده ابنه هارون الرشيد الذي أشخص الإمام (ع) من المدينة وسجنه مرتين .
وكان السندي بن شاهك شديد النصب والعداوة لآل الرسول (ص) إلى أن امره الرشيد بسم الإمام (ع) ، فقدم إليه عشر حباتٍ من الرطب المسموم ، أجبره على اكلِها ، فتناولها الإمام (ع) وتمرض من ذلك ثلاثة أيام ، استشهد بعدها مظلوماً في السجن المظلم تحت القيود والأغلال يوم الجمعة في الخامس والعشرين من شهر رجب من سنة ثلاث وثمانين بعد المائة من الهجرة الشريفة .
وقد أخرجوا جنازته المقدسة بالذل والهوان ، ووضعوها على جسر الرصافة ببغداد ، حيث بقيت ثلاثة أيام ، أسوة بجده الرسول (ص) وجده الحسين (ع) والمنادي ينادي هذا إمام الرافضة ، إلى ان علم بذلك سليمان عم الرشيد ، فامر بحملها مكرمة معظمة ، وغير النداء بقوله : الا فمن أراد يحضر جنازة الطيب ابن الطيب والطاهر بن الطاهر فليحضر جنازوة موسى بن جعفر (ع) ثم غسل وكفن باحسن كفن ثمين ، وامر بتشييع الجنازة ، ودفن (ع) في الجانب الغربي من بغداد ، في المقبرة المعروفة بمقابر قريش جانب الكرخ من الكاظمية ، من باب التين ، وهو الموضع الذي يقوم فيه اليوم ضريحه ومزاره ، وله مقام ومزار عظيم لا يقل عن مزار جديه علي والحسين (ع) .
... نسألكم الدعاء ...