روى الكليني في الكافي بسنده إلى الرضا عليهالسلام قال : قال أبو جعفر الباقر عليهالسلام حين احتضر إذا إنا مت فاحفروا لي و شقوا لي شقا فإن قيل لكم إن رسول الله صلىاللهعليهوآله لحد له فقد صدقوا )أقول( و ذلك لأنه عليهالسلام رأى أن الشق أصلح له من بعض الوجوه من اللحد فأمرهم به و إن كان اللحد أفضل.
و روى الكليني بسنده عن الصادق عليهالسلام قال : إن أبي استودعني ما هنالك )يعني ما كان محفوظا عنده من الكتب و السلاح و آثار الأنبياء و وداعهم( فلما حضرته الوفاة قال ادع لي شهودا فدعوت أربعة من قريش فيهم نافع مولى عبد الله بن عمر فقال اكتب: هذا ما وصى به يعقوب بنيه يا بني إن الله اصطفى لكم الدين فلا تموتن إلا و أنتم مسلمون.
و أوصى محمد بن علي إلى جعفر بن محمد و أمره أن يكفنه في برده الذي كان يصلي فيه يوم الجمعة و أن يعممه بعمامته و أن يربع قبره و يرفعه أربع أصابع و أن يحل عنه إطماره عند دفنه.ثم قال للشهود انصرفوا رحمكم الله فقلت له يا أبت ما كان في هذا بأن يشهد عليه فقال يا بني كرهت أن تغلب و أن يقال أنه لم يوصى إليه فأردت أن تكون لك الحجة. أراد أن يعلمهم أنه وصيه و خليفته و الإمام من بعده.
و روى الكليني في الكافي بسنده عن أبي عبد الله الصادق عليهالسلام قال : إن أبي قال لي ذات يوم في مرضه يا بني ادخل أناسا من قريش من أهل المدينة حتى أشهدهم فأدخلت عليه أناسا منهم فقال يا جعفر إذا أنا مت فغسلني و كفني و ارفع قبري أربع أصابع و رشه بالماء فلما خرجوا قلت يا أبت لو أمرتني بهذا صنعته و لم ترد أن أدخل عليك قوما تشهدهم فقال يا بني أردت أن لا تنازع )أي لا تنازع في الإمامة و الخلافة من بعدي متى علموا أنك وصيي( .
و روى الكليني في الكافي بسنده عن أبي عبد الله الصادق عليهالسلام قال : كتب أبي في وصيته أن اكفنه في ثلاثة أثواب أحدها رداء له حبرة كان يصلي فيه يوم الجمعة و ثوب آخر و قميص فقلت لأبي لم تكتب هذا فقال أخاف أن يغلبك الناس و أن قالوا كفنه في أربعة أو خمسة فلا تفعل و عممني بعمامة و ليس تعد العمامة من الكفن إنما يعد ما يلف به الجسد.
و روى الكليني في الكافي بسنده أن أبا جعفر أوصى بثمانمائة درهم لمأتمه و كان يرى ذلك من السنة لأن رسول الله صلىاللهعليهوآله قال اتخذوا لآل جعفر طعاما فقد شغلوا.