تزوج (ع) زوجات عديدة ، أولدهن خمسة عشر ولداً ذكوراً وإناثاً ، احداهن ولعلها افضلهن أم الحسن بنت الحسن الزكي (ع) وهي والدة الإمام محمد الباقر(ع) والذي يعتبر حفيداً لكلا الإمامين الحسن والحسين (ع) ، وله عبدالله والحسن والحسين الأكبر ، وزيد الذي يعتبر أفضل أولاد الإمام زين العابدين بعد الباقر (ع) ، وعمر بن علي بن الحسين (ع) المعروف بعمر الأشرف ، والحسين الأصغر ، وعبدالرحمن ، وسليمان ، ومحمد الأصغر وعلي الذي كان أصغر ولده (ع) ، وعلية وفاطمة ، وأم كلثوم ، وخديجة .